In alcune circostanze, quali ad esempio un crash del sistema operativo o una rimozione inadeguata di un supporto di memorizzazione, si possono verificare anomalie nell'accedere ai propri file dovute ad una corruzione del filesystem cioè delle strutture dati che il sistema utilizza per gestire file e directory. Fortunatamente i sistemi GNU/Linux forniscono alcuni strumenti per la verifica e la riparazione di alcuni tipi di filesystem.